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- How genomics can help biodiversity conservationPublication . Theissinger, Kathrin; Fernandes, Carlos; Formenti, Giulio; Bista, Iliana; Berg, Paul R.; Bleidorn, Christoph; Bombarely, Aureliano; Crottini, Angelica; Gallo, Guido R.; Godoy, José A.; Jentoft, Sissel; Malukiewicz, Joanna; Mouton, Alice; Oomen, Rebekah A.; Paez, Sadye; Palsbøll, Per J.; Pampoulie, Christophe; Ruiz-López, María J.; Secomandi, Simona; Svardal, Hannes; Theofanopoulou, Constantina; De Vries, Jan; Waldvogel, Ann-Marie; Zhang, Guojie; Jarvis, Erich D.; Bálint, Miklós; CIOFI, CLAUDIO; Waterhouse, Robert M.; Mazzoni, Camila J.; Höglund, Jacob; Aghayan, Sargis A.; Alioto, Tyler; Alvarez, Nadir; Alves, Paulo C.; Rosário, Isabel Amorim do; Antunes, Agostinho; Arribas, Paula; Baldrian, Petr; Bertorelle, Giorgio; Böhne, Astrid; Bonisoli Alquati, Andrea; Boštjančić, Ljudevit L.; Boussau, Bastien; Breton, Catherine M.; Buzan, Elena; Campos, Paula F.; Carreras, Carlos; Castro, Luis Filipe; Chueca, Luis J.; Čiampor, Fedor; Conti, Elena; Cook-Deegan, Robert; Croll, Daniel; Cunha, Mónica V.; Delsuc, Frédéric; Dennis, Alice B.; Dimitrov, Dimitar; Faria, Rui; Favre, Adrien; Fedrigo, Olivier D.; Fernández, Rosa; Ficetola, Gentile; Flot, Jean-François; Gabaldón, Toni; Agius, Dolores R.; Giani, Alice M.; Gilbert, M Thomas P; Grebenc, Tine; Guschanski, Katerina; Guyot, Romain; Hausdorf, Bernhard; Hawlitschek, Oliver; Heintzman, Peter D.; Heinze, Berthold; Hiller, Michael; Husemann, Martin; Iannucci, Alessio; Irisarri, Iker; Jakobsen, Kjetill S.; Klinga, Peter; Kloch, Agnieszka; Kratochwil, Claudius F; Kusche, Henrik; Layton, Kara K.S.; Leonard, Jennifer A.; LERAT, Emmanuelle; Liti, Gianni; Manousaki, Tereza; Marques-Bonet, Tomas; Matos-Maraví, Pável; Matschiner, Michael; Maumus, Florian; Mc Cartney, Ann M.; Meiri, Shai; Melo-Ferreira, José; Mengual, Ximo; Monaghan, Michael T.; Montagna, Matteo; Mysłajek, Robert; Neiber, Marco T.; Nicolas, Violaine; Novo, Marta; Ozretić, Petar; Palero, Ferran; Pârvulescu, Lucian; Pascual, Marta; Paulo, Octávio S.; Pavlek, Martina; Pegueroles, Cinta; Pellissier, Loïc; Pesole, Graziano; Primmer, Craig R.; Riesgo, Ana; Rüber, Lukas; RUBOLINI, DIEGO; Salvi, Daniele; Seehausen, Ole; Seidel, Matthias; Studer, Bruno; Theodoridis, Spyros; Thines, Marco; Urban, Lara; Vasemägi, Anti; Vella, Adriana; Vella, Noel; Vernes, Sonja C.; Vernesi, Cristiano; Vieites, David R.; Wheat, Christopher W.; Wörheide, Gert; Wurm, Yannick; Zammit, GabrielleABSTRACT: The availability of public genomic resources can greatly assist biodiversity assessment, conservation, and restoration efforts by providing evidence for scientifically informed management decisions. Here we survey the main approaches and applications in biodiversity and conservation genomics, considering practical factors, such as cost, time, prerequisite skills, and current shortcomings of applications. Most approaches perform best in combination with reference genomes from the target species or closely related species. We review case studies to illustrate how reference genomes can facilitate biodiversity research and conservation across the tree of life. We conclude that the time is ripe to view reference genomes as fundamental resources and to integrate their use as a best practice in conservation genomics.
- Quem somos? As respostas de Eduardo LourençoPublication . Gil, Ana Cristina CorreiaQuem sou eu? Esta é uma das perguntas que fazemos várias vezes ao longo da nossa vida. A resposta pode ser variada: sou alto, sou cozinheiro, sou teimoso, sou micaelense, sou filho da Maria e do Manel, sou português… A verdade é que muitas vezes somos um mistério para nós mesmos e é importante desvendar esse mistério, para nos conhecermos melhor: as nossas características, capacidades e fragilidades. Só assim podemos aproveitar o que temos de bom e tentar corrigir o que é menos positivo, para termos uma vida mais feliz e realizada.
- Near real-me distribution modelling of cetacean distribution off the AzoresPublication . Morcillo, Marta Tobeña; Juliano, Maria Manuela Fraga; Silva, Mónica Cordeiro de Almeida; Lehodey, PatrickOs cetáceos têm habitado o Oceano Atlântico desde há muito tempo, e a comunidade açoreana tem dependido deles por séculos. No início do último século, a comunidade açoreana eram balieiros, mas depois da moratória de caça de baleias, o negócio do turismo cresceu a volta dos cetáceos. Além disso, os cetáceos têm um papel essencial no meio ambiente, sustentando à integridade do ecossistema marinho. Os processos que guiam a sua presença nos Açores são complexos e identificá-los é um reto. Há múltiplas opções: processos ecológicos, atividades antropogénicas, o a mistura deles. Encontrar as relações entre cetáceos y os seus geradores de presença é essencial para predizer como as alterações no ambiente e das atividades humanas podem influir na resiliência de grupo e no serviço deles ao ecossistema.
- Prevalência e resistência a antibióticos de estafilococos coagulase-positivos no leite de vacas leiteiras numa exploração da Ilha TerceiraPublication . Barros, João Luís Fagundes; Dapkevicius, Maria de Lurdes; Pinto, Carlos AugustoOs estafilococos coagulase-positivos (CoPS) são importantes agentes causadores de mastite bovina contagiosa e patógenos relevantes para os seres humanos. Os bovinos leiteiros podem servir de reservatório de CoPS portadores de fatores de virulência e dotados de resistência a antibióticos relevantes do ponto de vista da medicina humana. O objetivo principal deste trabalho foi estudar a prevalência e o perfil fenotípico de resistência a antibióticos de isolados de CoPS obtidos a partir de cada um dos quartos do úbere das 58 vacas em produção na exploração leiteira experimental da Universidade dos Açores. As amostras de leite foram recolhidas assepticamente, após descartar os primeiros jatos, de cada quarto do úbere de todas as 58 vacas leiteiras em lactação. Foram efetuados testes californianos de mastite para cada quarto de úbere e foram obtidas contagens de células somáticas a partir dos registos da exploração. As amostras de leite de cada quarto de úbere de cada vaca foram plaqueadas em Baird-Parker Agar com gema de ovo e telurito para isolamento de CoPS. Todos os isolados CoPS foram testados quanto aos seus perfis de fatores de virulência e de resistência/sensibilidade a antibióticos clinicamente relevantes, pelo método de difusão em agar, seguindo os protocolos da CLSI e da CASFM. A resistência à meticilina (oxacilina) foi testada em Agar ORSAB. Obteve-se 30 isolados a partir de 58 vacas, correspondendo a uma prevalência de CoPS de 12%. Destes, 10 isolados (todos provenientes do mesmo animal) foram preliminarmente identificados como S. aureus. Nenhum dos isolados obtidos cumpriu os critérios para serem considerados MRSA. No que toca aos fatores relacionados com a invasão dos tecidos do hospedeiro e com a produção de danos nas suas células, a produção de gelatinase foi observada em 50 % dos isolados, enquanto que a maioria apresentou beta-hemólise. Não foram observadas resistências à maioria dos antibióticos testados. Apenas foram encontradas resistências a 3 antibióticos pertencentes à classe dos beta-lactâmicos (penicilina, cefoxitina e oxacilina). A maioria dos isolados foram resistentes à penicilina, 50% foram resistentes à oxacilina e apenas 3% à cefoxitina. Devido ao baixo número de animais incluídos neste estudo, a análise estatística não revelou influência significativa de nenhum dos parâmetros estudados (produção de leite aos 305 dias, valor médio das C.C.S., n.º de lactações e dias em lactação à data da colheita) sobre a presença ou ausência de CoPS nas vacas. A situação da exploração em estudo relativamente à prevalência de CoPS, à frequência dos fatores de virulência estudados e ao perfil de resistência a antibióticos clinicamente relevantes não foi preocupante. Contudo, a presença de uma percentagem considerável de isolados resistentes à meticilina (oxacilina) pode constituir uma ameaça por representarem um reservatório de determinantes genéticos de resistência a este antibiótico.
- O impacto da alteração da estrutura do habitat na complexidade das cadeias alimentares dos artrópodes nas florestas açorianas.Publication . Lhoumeau, SébastienA perda e a degradação dos habitats são uma causa bem conhecida da erosão da biodiversidade, o que é particularmente relevante para os artrópodes, o grupo de animais mais diversificado da natureza. Além disso, existe uma forte ligação entre a diversidade das comunidades de artrópodes e a estrutura dos seus habitats. Mais importante ainda, a perturbação das comunidades de artrópodes conduz a alterações nos serviços ecossistémicos que prestam. Por estas razões, muitas espécies podem ser consideradas espécies-chave nos ecossistemas. A perda das suas funções ecológicas críticas pode levar ao colapso de todo o ecossistema.
- A responsabilidade social das empresasPublication . Mansinho, Ana Beatriz Inácio; Rodrigues, José NoronhaAs organizações, e respectivas partes interessadas, estão cada vez mais cientes das vantagens e do impacto de um comportamento socialmente responsável. A Responsabilidade Social é uma prática realizada pelas empresas, com o objetivo de trazer benefícios sociais e ambientais para sua comunidade interna e externa. É vista como um processo contínuo e de melhoria da empresa: na sua relação com os colaboradores, na comunidade em que está inserida e com os parceiros envolvidos. O desempenho de uma organização relativamente à sociedade na qual desenvolve as suas actividades, e o respectivo impacto ambiental, são aspectos fundamentais para a avaliação do seu desempenho global enquanto empresa. Estes factores reflectem a existência de ecossistemas saudáveis, igualdade social e boa gestão organizacional. Existe cada vez mais uma procura por uma sociedade e meio ambiente equilibrados e, por isso, surgem três tipos de Responsabilidade Social: Responsabilidade Social Corporativa; Responsabilidade Social Empresarial e; Responsabilidade Social Ambiental. As empresas que optam por uma posição socialmente responsável obtêm, consequentemente, um crescimento mais sustentável e uma maior visibilidade. Já para não falar na preferência por parte dos consumidores, que se demonstram cada vez mais exigentes quanto às organizações. Por isso, as que demonstram ser socialmente responsáveis adquirem uma posição vantajosa face à sua concorrência. Além disso, encontram-se menos propícias a problemas judiciais. Não obstante, a Responsabilidade Social não se rege somente à legislação vigente e não visa apenas retorno financeiro; considera, sobretudo, os benefícios para o seu público alvo (interno e externo). A presente investigação baseia-se nas seguintes metodologias: pesquisa em websites; consulta de livros, artigos e relatórios e; conhecimento próprio, através de situações experienciadas e vivenciadas no dia a dia. O principal objetivo da mesma é traçar a conceptualização teórica da Responsabilidade Social das empresas, identificando as boas práticas, a nível internacional, nacional e regional, dando, para o efeito, exemplos das práticas adotadas por diversas empresas.
- Jogar e compreender: o contributo dos jogos pedagógicos inspirados no Método de Singapura para o ensino e a aprendizagem da Matemática na Educação Pré-Escolar e 1.º Ciclo do Ensino BásicoPublication . Melo, Isabel Victória Raposo; Dinis, Raquel José Jesus Vigário; Teixeira, Ricardo Emanuel CunhaO presente Relatório de Estágio versa a análise fundamentada ao trabalho desenvolvido no âmbito dos Estágios Pedagógicos I e II, realizados na Educação Pré--Escolar e no 1.º Ciclo do Ensino Básico, respetivamente, no contexto do Mestrado em Educação Pré-Escolar e Ensino do 1.º Ciclo do Ensino Básico, da Universidade dos Açores. A temática por nós selecionada para aprofundamento centra-se nos contributos do jogo pedagógico, inspirado nos princípios científico-pedagógicos do Método de Singapura para o ensino-aprendizagem da Matemática, que se pretende promotor da compreensão de conceitos e procedimentos. O currículo Português realça a importância de se despertar o interesse/motivação das crianças/alunos para a aprendizagem significativa da Matemática, preconizando o papel ativo do discente na construção do seu próprio conhecimento. Nesta ótica, o jogo pedagógico constitui-se como um recurso muito eficaz, por priorizar a criança/aluno como protagonista do processo educativo, por meio da ação e interação. O carácter lúdico do jogo confere-lhe maior atratividade para a abordagem/consolidação dos conteúdos matemáticos, estimulando o raciocínio, o pensamento estratégico e a autonomia. As práticas pedagógicas dinamizadas, a sua análise e reflexão constituíram momentos fulcrais e ímpares de aprendizagem profissional. Considerando as necessidades e interesses do grupo/turma, selecionámos, construímos e implementamos jogos diversificados, versando diferentes temas matemáticos. Neste contexto, evidenciou--se − tanto na nossa análise, como nas entrevistas realizadas às docentes cooperantes − o elevado valor pedagógico deste recurso, aliado aos princípios estruturantes do Método de Singapura, nomeadamente no que respeita à promoção da compreensão relacional de conceitos e procedimentos matemáticos. Em complementaridade com as práticas desenvolvidas, realizámos um estudo (mediante inquérito por questionário), com o objetivo de aprofundarmos o conhecimento das conceções e práticas de Educadores de Infância e de Professores do 1.º Ciclo do Ensino Básico sobre a implementação do jogo no ensino e aprendizagem da Matemática. Os resultados obtidos, que consideramos muito positivos, revelam que grande parte dos participantes privilegia o jogo pedagógico na abordagem à área/domínio da Matemática, valorizando-o como um recurso promotor de atitudes positivas face à Matemática e um fator de motivação e interesse pela aprendizagem, estimulando a atenção/concentração, o raciocínio e a resolução de problemas. Contudo, neste estudo, constatámos ainda que alguns docentes declaram não privilegiar o jogo, referindo que a falta de recursos/materiais/tempo, as características/comportamentos do grupo/turma e/ou o elevado número de crianças/alunos dificultam essa prática. Neste enquadramento, destacamos a importância de se investir continuamente − tanto no aprofundamento da investigação e da reflexão, como nos contextos de formação inicial e contínua – na clarificação e afirmação do potencial pedagógico do jogo, nomeadamente no que respeita ao ensino-aprendizagem da Matemática, que se pretende ativo e significativo.
- Estudo comparativo da comunidade bacteriana do leite biológico e convencionalPublication . Paiva, Nuno Miguel Lopes; Silva, Célia Costa Gomes da; Ribeiro, Susana Isabel ChavesO leite biológico certificado provém de vacas que vivem e se alimentam diariamente no pasto, sem o uso de pesticidas ou fertilizantes químicos sintéticos, contribuindo para a proteção do meio ambiente, bem-estar animal e desenvolvimento rural sustentável. Este é o primeiro estudo da comunidade microbiana do leite produzido nos Açores onde se comparam os sistemas de produção biológico e convencional. Foram coletadas 40 amostras de leite, sendo 20 de produção biológica e 20 de produção convencional em duas estações: inverno e primavera. A identificação da comunidade bacteriana foi realizada por amplificação da região hipervariável V3-V4 do gene 16S rRNA e sequenciação pela plataforma Illumina. As atribuições taxonómicas para os ASVs foram determinadas usando o banco de dados SILVA. Não se observaram diferenças nos diferentes índices de biodiversidade (P>0.05) entre o leite convencional e biológico, embora se tenham registado uma redução no número de indivíduos (P<0,05) e aumento da equitabilidade (P<0,05), refletindo um menor número de espécies dominantes no leite produzido no modo convencional no inverno. Em ambos os sistemas de produção o leite apresentou uma microbiota dominada pelos filos Firmicutes, Proteobacteria, Actinobacteriota e Bacteroidota, destacando-se 13 géneros dominantes: Lactococcus, Acinetobacter, Staphylococcus, Chryseobacterium, Pseudomonas, Macrococcus, Thermoanaerobaculaceae – Subgroup 10, Clostridium sensu stricto 1, Corynebacterium, Aerococcus, Romboutsia, Lachnospiraceae NK3A20 e Leuconostoc. O leite em modo de produção biológico apresentou também uma maior heterogeneidade entre explorações, refletida pela dispersão dos índices de diversidade e pela grande variação nas abundâncias relativas dos géneros dominantes observados nas diferentes amostras. Estes resultados foram confirmados pela análise PCoA, onde se registou uma dispersão das amostras produzidas em modo biológico, em contraste com as amostras de leite produzido no sistema convencional, que apresentaram um elevado nível de similaridade tanto na primavera como no inverno. Neste sistema de produção, observou-se também uma clara separação da comunidade bacteriana entre o leite produzido no inverno e na primavera. Já no modo de produção biológico, devido à prática do pastoreio durante todo o ano, essa distinção não foi observável. A análise de LEfSe identificou alguns géneros como diferenciadores do modo de produção biológico. Destes, destacam-se os géneros Bacillus, Iamia e Nocardioides, associados à microbiota do solo nos sistemas de produção biológico, bem como o género Christensenellaceae group R7 com um potencial efeito benéfico para a saúde.
- Flowering Coriander (Coriandrum sativum) Strips Do Not Enhance Ecosystem Services in Azorean OrchardsPublication . Ferrante, Marco; Lövei, Gabor; Lavigne, Lambert; Caballero Vicente, Mario; Tarantino, Elisa; Lopes, David João Horta; Monjardino, Paulo; Borges, Paulo A. V.ABSTRACT: Ecosystem services (ESs) and disservices (EDs) are routinely estimated from changes in service provider densities without measuring their actual levels. By using the sentinel approach (i.e., exposing a plant, seeds, and prey models in a standardized way), we tested how coriander (Coriandrum sativum) strips planted in mixed orchards on Terceira Island (Azores, Portugal) affected ESs/EDs via herbivory on lettuce plants, seed predation on wheat and weed seeds, and predation on artificial caterpillars. Vertebrates had more influence than invertebrates on ESs and EDs. Herbivory (ED) after 2 weeks was similar in the coriander and the control plots, while seed predation was higher in the control than in the coriander plots on both wheat grain (an ED: 30.8% vs. 15.3%) and weed seeds (an ES: 2.5% vs. 0.4%). Vertebrate predation (ES) rates after 48 h were significantly higher in the control (9%) than in the coriander plots (3%), while no difference was observed for invertebrate predation. Coriander strips did not support increased ES/reduced ED levels in this habitat. The sentinel approach is effective to quantitatively compare multiple ESs/EDs under different farming management strategies.
- "Reliques of Ancient English Poetry," de Thomas Percy, e "Romanceiro" de Almeida Garrett: Dois Modos Diferentes de entender e Avaliar Poesia PopularPublication . Silva, EduardoEste estudo enceta análise e comparação das compilações de Thomas Percy ("Reliques of Ancient English Poetry") e de Almeida Garrett ("Romanceiro") entrando em conta sobretudo com os motivos que levaram os autores a realizá-las e os objetivos que pretenderam alcançar por via delas. Por conseguinte, especifica os entendimentos de “literatura” que se encontram na origem dos modos de conceber e avaliar a poesia popular com que tais compilações confrontam os seus leitores, de modo a tornar evidente tanto as diferenças como as semelhanças que subjazem a esses mesmos entendimentos (de “literatura”). De par a par, dá a saber que o entendimento garrettiano de "literatura popular-nacional" radica, em primeira instância, na teoria de "Volksdichtung" de Johann Gottfried Herder e, via deste, do Romantismo alemão em geral. Sendo, pois, que também explicita as características gerais dessa mesma teoria.